RDKit Cheminformatics نسخه ۲۰۲۵.۳

معرفی RDKit Cheminformatics 2025.3

RDKit نرم افزار متن باز و تخصصی برای شیمی محاسباتی و شیمی‌انفورماتیک Cheminformatics می باشد. این نرم افزار برای کار با ساختارهای شیمیایی، تحلیل و آنالیز ویژگی‌ها، و انجام محاسبات شیمیایی مختلف روی مولکول‌ها کاربرد دارد. دارای یک رابط برنامه‌نویسی کاربردی (API) برای پایتون، جاوا، سی‌پلاس‌پلاس ++C و سی‌شارپ# C است.

خواندن و ذخیره ساختارها از فرمت‌های رایج (مثل SDF، MOL، SMILES، InChI)

محاسبه خواص فیزیکوشیمیایی (LogP، تعداد هیدروژن‌های دهنده/گیرنده پیوند هیدروژنی، و…)

محاسبه توصیف‌گرهای مولکولی (molecular descriptors) برای مدل‌سازی QSAR/QSPR

جستجو بر اساس ساختار یا زیرساختار (Substructure search)

مقایسه شباهت مولکول‌ها با استفاده از اثر انگشت‌های مولکولی (molecular fingerprints)

بهینه‌سازی ساختار با الگوریتم‌های مکانیک مولکولی Molecular mechanics

آماده‌سازی ورودی برای شبیه‌سازی‌های دینامیک مولکولی یا داکینگ مولکولی Molecular docking

ویژگی‌های کلیدی

• رسم و نمایش ساختار مولکول‌ها خواندن و ذخیره ساختارها از فرمت‌های رایج (مثل SDF، MOL، SMILES، InChI)
• رسم دو‌بعدی و سه‌بعدی ساختار مولکول‌ها
• آنالیز ویژگی‌های مولکولی محاسبه خواص فیزیکوشیمیایی (LogP، تعداد هیدروژن‌های دهنده/گیرنده پیوند هیدروژنی، و…)
• محاسبه توصیف‌گرهای مولکولی (molecular descriptors) برای مدل‌سازی QSAR/QSPR
• مدیریت و جستجوی پایگاه داده‌های شیمیایی جستجو بر اساس ساختار یا زیرساختار (Substructure search)
• مقایسه شباهت مولکول‌ها با استفاده از اثر انگشت‌های مولکولی (molecular fingerprints)
• ویرایش و دستکاری ساختارها افزودن یا حذف اتم‌ها و گروه‌های عاملی
• تولید تاتومرها و ایزومرها
• پاکسازی ساختار و بهینه‌سازی هندسه
• مدل‌سازی سه‌بعدی ساختارهای شیمیایی تولید مختصات سه‌بعدی از فرمول SMILES
• بهینه‌سازی ساختار با الگوریتم‌های مکانیک مولکولی Molecular mechanics
• آماده‌سازی ورودی برای شبیه‌سازی‌های دینامیک مولکولی یا داکینگ مولکولی Molecular docking
• مدل‌سازی QSAR/QSPR و یادگیری ماشین Machine learning استخراج ویژگی‌ها برای آموزش مدل‌های پیش‌بینی خواص یا فعالیت بیولوژیکی
• ترکیب با کتابخانه‌هایی مثل scikit-learn یا PyTorch برای مدل‌سازی
• غربالگری مجازی (Virtual Screening) فیلتر کردن ترکیبات نامطلوب (Lipinski rule، PAINS filter)
• پیدا کردن ترکیبات مشابه داروهای شناخته‌شده
• توسعه برنامه‌های سفارشی شیمیایی ساخت وب‌سرویس‌ها یا اپلیکیشن‌های شیمی با Flask/Django + RDKit
• پردازش اتوماتیک مجموعه‌های بزرگ داده‌های شیمیایی

نسخه: 2025.3

پیش‌نیاز: ویندوز ۱۰/۱۱ یا لینوکز ۶۴ بیتی

خرید و دانلود RDKit Cheminformatics 2025.3 از فروشگاه نرم‌افزار کلینیک علوم ایران — تحویل دیجیتال، راهنمای نصب و پشتیبانی فنی.